Il software Caronte è caratterizzato dalle seguenti funzionalità:

·	gestione delle autorizzazioni dei diversi soggetti afferenti alla piattaforma con l'individuazione dei produttori, dei destinatari, dei trasportatori e degli intermediari;
·	gestione dei registri utilizzati in piattaforma, con individuazione del registro di trasporto, di carico, di scarico e di intermediazione (con e senza possesso);
·	gestione dei modelli di movimento e loro raggruppamenti;
·	stampa dei registri di piattaforma relativi ai formulari (Carico/Scarico e trasporto e intermediazione), con inoltre la stampa del frontespizio e dell'intestazione in testa alla singola pagina di registro;
·	gestione dei listini (sia dei servizi che dei conferimenti) a livello di centro di raccolta;
·	contabilizzazione dei conferimenti sulla base dei listini applicati;
·	ricerche e relative statistiche per codice europeo, produttore, destinatario, trasportatore, ecc...;
·	statistiche utili per la compilazione dei M.U.D.